Уже до начала войны Никита Сергеевич был не последним человеком в советском руководстве. Накануне Великой отечественной он стал членом Политбюро ЦК ВКП(б). На этой должности Хрущев беспощадно боролся с так называемыми «врагами народа», во всяком случае, он не заступался даже за тех, кого хорошо знал, потому что верил, что враги действительно существуют.
К 1941 г Хрущев был комиссаром высшего ранга и вошел в состав Военсовета Юго-Западного направления (Буденный, Хрущев, Покровский), а также пяти фронтов в юго-западном и южном направлениях. В 1941 в зоне его ответственности произошло окружение советских частей под Киевом.
Многие считают, что Никита Сергеевич виноват в том, что своевременно не отдал приказ о сдаче Киева, из-за чего произошло окружение советских частей, и много солдат и офицеров было убито либо попало в плен. Однако сразу город не был сдан, потому что более высокое руководство в лице Сталина отдало такой приказ. Более того, Хрущев взял на себя ответственность, когда произошло окружение под Киевом, приказать вывести войска из окружения, не тратя время на согласование его со Ставкой. Но сразу этот приказ не был выполнен, потому что он противоречил приказу Сталина. А разрешение на сдачу города из Ставки главнокомандующего поступило лишь через день, что сыграло роковую роль в разгроме советских войск.
В следующем году Красная армия потерпела серьезное поражение под Харьковом. Одной из основных причин больших потерь стал приказ Хрущева и Тимошенко о продолжении обороны города, когда реальных шансов на победу не было. В итоге советские войска оказались в окружении и были разгромлены немцами. После столь сильного удара по крупным силам советских войск вермахт развивает весьма успешное наступление на Кавказ и Волгу.
Хрущев же вместе с другими членами Военного совета принимал решение о наступлении на Воронежском фронте при отсутствии достаточных ресурсов, хотя их предупреждали об опасности подобных действий. В результате произошел прорыв фронта, и началось планомерное отступление к Сталинграду. Однако такие стратегические просчеты не помешали Хрущеву в 1943 получить звание генерал-лейтенанта.
Никита Сергеевич принимал участие в Сталинградской битве, был руководителем партизанского движения на Украине. Он во время сражений на Курской дуге под артобстрелом на передовой вручал награды бойцам, хотя для этого мог послать подчинённого. Для него было важно показать бойцам, что генералы не прячутся от смертного боя.
В сражениях принимал активное участие и сын Хрущева Леонид. Он был летчиком. С именем Леонида связано множество легенд, сплетен, домыслов. Дело в том, что он погиб в 1943 г. Однако тело не было найдено, его признали пропавшим без вести. Возникла версия, что он перешел на сторону немцев. Согласно другому мнению, Леонид не перешел на сторону врага и немцами не был убит во время боя, а был отправлен тайно в Москву, где его казнили. Никита Сергеевич якобы пытался вызволить сына, но Сталин отказал ему, потому что Леонида судили как «врага народа» за антисоветскую агитацию на фронте. Именно эти события, если исходить из последней версии, и послужили причиной разгромного 20 съезда. Никаких прямых доказательств ни одной из версий пока нет.
Таким образом, деятельность Хрущева в 1941—1944 гг (т.е. до освобождения Украины) не была однозначной, в общем, как и вся его политическая биография. Он спорил со Сталиным и был его соратником, он совершал ошибки, которые стоили тысяч жизней, и защищал родину в зоне активных военных действий, спасая миллионы. Он был героем и палачом, но самое главное, он не прятался от войны, а сражался, что уже говорит о многом.